自然资源部第二海洋研究（以下简称“海洋二所”）所创建于1966年，是一座学科齐全、科技力量雄厚、设备先进的综合型公益性海洋研究机构，隶属于自然资源部。主要从事中国海、大洋和极地海洋科学研究；海洋环境与资源探测、勘查的高新技术研发与应用。
海洋二所建有自然资源部系统内唯一一个国家重点实验室——卫星海洋环境动力学国家重点实验室和三个自然资源部重点实验室，与浙江省共建有浙江省海洋科学院。此外，二所还建有海洋检测中心、海洋标准物质中心等技术服务机构和技术支撑体系，在浙江临安建有科技研发基地。
全所现有在职职工400余人，其中中国科学院院士2人，中国工程院院士3人，浙江省特级专家4人，正高级专业技术人员93人，副高级专业技术人员177人，形成了一支院士领衔，杰青、优青、国家高层次人才特殊支持计划等国家级人才领军的高素质科技人才队伍，并入选国家创新人才培养示范基地。全所现有海底科学与深海勘测技术、海洋动力过程与数值模拟技术、卫星海洋学与海洋遥感、海洋生态系统与生物地球化学、工程海洋学5个重大研究领域和19个重点研究方向，基本形成了适应国家需求和立足海洋科技发展前沿的科技创新体系和科研群体。
海洋二所在浙江舟山长峙岛建有具备服务深海大洋勘探开发能力的装备研发基地。海洋二所共建有一条4500吨级的海洋综合科考船——向阳红10，该船满足深海海洋科学多学科交叉研究需求，于2014年3月入列国家海洋调查船队。同时，由海洋二所配建的“大洋号”大洋综合资源调查船于2019年12月入列，该船隶属于中国大洋协会，是一艘集多学科、多功能、多技术手段为一体的新一代大洋综合资源调查船，将以二所舟山基地作为母港，由海洋二所运营。
海洋二所目前拥有国家级海洋工程勘察甲级证书、海洋工程设计甲级证书和海洋测绘甲级证书等资质，通过了国家计量认证的资质认定和国际质量管理体系ISO9001∶2015标准认证，主编出版海洋综合性国内学术核心期刊《海洋学研究》。
我校长期以来与海洋二所有紧密交流与合作，双方围绕深海探测与海洋能源矿产资源、海洋生态与环境、海洋生物、海洋遥感、极地地质与环境、海底科学与海洋权益等多领域开展科研合作，为国家海洋事业发展提供强有力的科技支撑。双方积极推进导师队伍建设和研究生联合培养：近年来联合培养了多位博士研究生；2024年1月，海洋二所李家彪院士聘任为我校荣誉教授。2023年3月，校所双方签署“共建海洋学院协议”，明确了研究生联合培养计划。协议明确联培学生在中国地质大学（武汉）授予学位，采取双导师制，原则上海洋二所导师担任第一导师，我校导师担任第二导师。培养计划由双方导师共同制定，研究生在学校完成理论课程学习，在双导师的指导下到海洋二所开展科研实践、撰写学位论文，在学校完成学位论文答辩。研究生在学期间由海洋二所导师发放研究生津补贴。
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